يتكون من الأقسام الآتيه:-
الباطنية
الأطفال
النساء والتوليد
الجراحة العامة
جراحة العظام
الجلدية والتجميل
الأنف والأذن والحنجره
العيون
جراحة المسالك البولية
مستشفى الشيخ محمد علي فضل يقدم خدمات حوادث الولادة مجاناً سواء كانت طبيعية أو قيصرية، مع توفر جميع أدوية الطوارئ والأدوية المنقذة للحياة.
وتم افتتاح الحوادث الجديدة لمستشفى الشيخ محمد علي فضل، وتم توسعة العناية المكثفة بالمستشفى لتصل إلى 4 أسرة وزيادة 5 حضانات بدعم من وزارة الصحة بولاية الخرطوم، وإنشاء غرف جديدة للعناية الوسيطة بسعة 4 أسرة لضمان توفر الخدمة للمواطن بصورة فاعلة وذات جودة عالية.